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我国首个基于全基因组测序技术的食源性疾病分子溯源收集建成并投入运用

2019年09月19日 16:12:55字号:T|T

    食源性疾病是环球范畴内弛缓的食品保险问题,初期候发现以及查明病因是防控食源性疾病的弛缓保障。随着新一代基因组测序技术的成长,基于全基因组测序(WGS)的分子分型技术在食源性疾病沉积性病例辨认以及爆发溯源查询走访中已经表现出极大的运用代价以及成长后劲,徐徐成了海外钻研热门,泰西干系国家已经相继倒退钻研以及结构。在国家重点研发方案“食品安然关头技术研发”重点专项的反对下,国家食品保险危害评估中心与中国农业大学以及北京中科助腾科技有限公司相助,以国家食源性疾病分子溯源收集(TraNet)为底子,初次建成了基于WGS分型技术的新型食源性疾病分子溯源收集,是我国首个实现国家、省、市三级现实运用的分子溯源收集。

    WGS技术的推广以及运用须要解决弛缓基因组数据的传输、储存、倏地计较以及精准比对于,须要成熟易用的生物音讯学综合流程以及尺度化正文体系。针对于上述问题,钻研团队搭建了我国首个全基因组数据计较云引擎,将尺度化的WGS数据综合流程转移到云端,大大起飞了WGS数据综合、运算及运用门槛?⒘嘶诎⒗镌芆SS的WGS三级架构WGS原始测序数据交付中心,实现了了原始数据的实时、倏地上报及保险传输。在此底子上,创建了基于WGS原始及拼接后数据的全基因组特色基因图谱辨认算法,通过历程以上两种综合模式的相互校对,分明进步了全基因组特色基因综合的精确性,同时创建了辩护力高、频频性好的全基因组多位点序列分型(wgMLST)以及焦点基因组多位点序列分型(cgMLST)尺度化模式,结合盛行病学音讯,创建了溯源综合知识库,实现了了避免同实验室间WGS数据的倏地综合、比对于与共享。钻研团队还进一步钻研并整合NCBI、CARD、ResFinder、VFDB等群众数据库中的特色基因数据,开发了难得食源性致病菌毒力因子、耐药基因、血清分子分型等自动化综合成果?,有助于各级实验室倒退食源性微生物遗传与变异特色、致病以及耐药机制及菌株进化等方面的底子钻研。当初收集已经在泰国肠炎头陀氏菌爆发病例的跨省溯源、冷冻饮品中单核细胞增生李斯特氏菌的跨省追踪等事件查询走访中得到败北运用。收集的建成以及运行,为我国食源性疾病爆发的倏地查询走访以及精准溯源提供了技术反对。 

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